真菌感染性疾病根據真菌侵犯人體的部位分為4類：

1.淺表真菌病

感染僅僅局限於皮膚角質層的最外層，極少甚至完全沒有組織反應，感染毛髮時也只累及毛髮表面，很少損傷毛髮。 主要包括：花斑癬、掌黑癬和毛結節菌病。

2.皮膚真菌病

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感染累及皮膚角質層和皮膚附屬器，如毛髮、甲板等，能廣泛破壞這些組織的結構並伴有不同程度的宿主免疫反應; 這類真菌感染中最常見的是皮膚癬菌病，其他真菌引起的感染還包括皮膚念珠菌病等。

皮膚癬菌病根據不同的發病部位可以分為足癬俗稱「腳氣」、手癬、體癣、股癣、甲癬以及頭癣等各類癣病; 在世界範圍內廣泛發生，是最常見的真菌性疾病，發病率高。

　　3.皮下真菌病

感染皮膚、皮下組織，包括肌肉和結締組織，一般不會經血液流向重要臟器播散;

但有些感染可以由病灶向周圍組織緩慢擴散蔓延，如足菌腫等; 也有些則沿淋巴管擴散，如孢子絲菌病、著色芽生菌病。 免疫受損患者的皮下真菌具有潛在的播散全身的危險。

4.系統性真菌病

除侵犯皮膚和皮下組織外，還累及組織和器官，甚至引起播散性感染，又稱為侵襲性真菌感染。

近年來，隨著高效廣譜抗生素、免疫抑製劑、抗惡性腫瘤藥物的廣泛應用，器官移植、導管技術以及外科其他介入性治療的深入開展，特別是AIDS的出現，條件致病性真菌引起的系統性真菌病日益增多，新的致病菌不斷出現，病情也日趨嚴重。 主要包括念珠菌病、曲黴病、隱球菌病、接合菌病和馬內菲青黴病等。